Существует гипотеза о том, что в известной степени автономные и несущие определенное количество собственной ДНК митохондрии и пластиды представляют собой видоизмененные прокариотические организмы , которые нашли "убежище" в более крупных гетеротрофных клетках-хозяевах - предшественниках эукариот . Все, или почти все, ныне живущие эукариоты содержат в своих клеткахмитохондрии , а все автотрофные эукариоты - также и пластиды. Возможно, они были приобретены в результате независимых случаев симбиоза , точнее - внутреннего симбиоза (эндосимбиоза). Более крупные гетеротрофные клетки, предшественницы эукариотических клеток , очевидно, защищали свои симбиотические органоиды от различных неблагоприятных условий окружающей среды. В свою очередь, прокариотические симбионты оказались полезными благодаря способности использовать энергию солнечного света ( фотосинтез ) и возможности использовать молекулярный кислород для окисления органических веществ. В результате эукариоты смогли заселить сушу, а также ту часть водной среды (обычно с высокой рН), где прокариоты относительно немногочисленны.